Noter les guillemets à "pédagogie" : il ne s'agit pas, dans cet article, de critiquer la pédagogie différenciée en tant que pratique d'enseignement, mais de faire remarquer que le terme de "pédagogie" laisse penser que la différenciation n'est que l'affaire du pédagogue, de l'enseignant, alors que l'administration doit aussi la prendre en compte. Voici par exemple ce qu'écrivait en 1987, en pleine vogue de la pédagogie différenciée, l'historien de la pédagogie Antoine PROST :

[...] une juxtaposition d’initiatives individuelles ne fait pas une pédagogie.  [...] La pédagogie différenciée, c’est très bien, j’y crois. Mais elle bute inévitablement sur des limites. Il faut au moins passer à l’équipe pédagogique, probablement à l’échelon supplémentaire plus institué qui serait des sections différentes sans reconstituer les filières. Enfin, pour ceux qui échouent le plus,, cela ne suffit pas, il faut aller jusqu’à des pédagogies alternatives. (p. 20 et p. 24, dans  « Démocratisation et différenciation », revue Les Amis de Sèvres  n° 3, sept. 1987, pp. 14-24)

Conclusion de l'article:

Les quatre types de différenciation que nous avons passé ici en revue nous ont fait aller progressivement de l’enseignant dans sa classe (différenciation de la pédagogie), à son établissement (différenciation des dispositifs), puis au système scolaire (différenciation des cursus), pour aboutir à l’ensemble de la société (différenciation des langues). La responsabilité de l’enseignant ne s’affaiblit pas inéluctablement au cours du passage entre ces différents niveaux, parce qu’elle peut être prise en charge par les autres "dimensions" personnelles qu’il peut aussi assumer, celles de membre d’une équipe, de délégué d’établissement, d’adhérent d’un syndicat et/ou d’une association professionnelle, enfin de citoyen.